Ahli UI Respons RI Pakai Metode SGTF Deteksi Varian Omicron
Guru Besar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI), Tjandra Yoga Aditama mengatakan metode deteksi varian Omicron atau B.1.1.529 di Indonesia menggunakan metode S gene target failure (SGTF) langkah baik untuk mencegah penularan corona lebih luas disebabkan Omicron.
Menurut Tjandra mutasi spike protein pada varian Omicron menyebabkan terjadinya STGF atau S gene target failure atau tidak akan terdeteksi dengan alat Polymerase chain reaction (PCR).
“Mutasi spike protein di posisi 69-70 pada Omicron menyebabkan terjadinya fenomena S gene target failure (SGTF) di mana gen S tidak akan terdeteksi dengan PCR lagi, hal ini disebut juga drop out gen S,” ujar Tjandra lewat pesan teks, Kamis (2/11).
Dijelaskan Thjandra, tidak terdeteksinya gen S pada pemeriksaan PCR dapat dijadikan indikasi awal untuk kemungkinan yang diperiksa adalah varian Omicron, yang tentu perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS) untuk memastikannya.
“Walau ada masalah di gen S tetapi untungnya masih ada gen-gen lain yang masih bisa dideteksi sehingga secara umum PCR masih dapat berfungsi,” ucap Tjandra.
Ia mengatakan jika kemampuan WGS terbatas, maka ditemukannya SGTF dapat menjadi bantuan untuk menyaring mana yang prioritas dilakukan WGS, jika ada kasus berat, ada klaster, atau ada kasus tidak wajar seperti perburukan kliniknya.
Dia menjelaskan kalau di suatu daerah ditemukan peningkatan sampel laboratorium yang menunjukkan SGTF, maka hal ini mungkin dapat menjadi suatu indikasi sudah beredarnya varian Omicron.
Lebih lanjut Tjandra menilai informasi tersebut penting di Indonesia dalam menganalisa hasil PCR yang setiap hari dilaporkan jumlah pemeriksaanya.
“Artinya jangan hanya jumlah total saja tetapi apakah ada peningkatan SGTF atau tidak,” ungkapnya.
Tjandra menyarankan jumlah pemeriksaan WGS masih perlu ditingkatkan. Dari data GISAID sampai 1 Desember 2021, Indonesia memasukkan 9.265 sekuens.
Sebagai contoh, Tjandra menjelaskan Singapura sudah memasukkan 10.151 sekuen, Afrika Selatan dengan penduduk tidak sampai 60 juta memasukkan 23.917 sekuen serta India bahkan sudah memasukkan 84.296 sekuen.
“Penduduk kita kira-kira adalah seperempat penduduk India, jadi kalau India sekarang sudah memeriksa lebih 80 ribu sampel maka seyogyanya kita harusnya dapat juga sudah memeriksa sekitar 20 ribu sampel,” kata Tjandra, Mantan Direktur WHO Asia Tenggara.
Upaya mendeteksi varian virus Omicron ini disampaikan Menteri Kesehatan RI Budi Gunadi Sadikin dan disiarkan di YouTube Ikatan Alumni ITB, Rabu (1/12).
(can/mik)
